Программный комплекс Amira 3D
Комплексный программный продукт для биологических исследований.
Amira – программный комплекс для обработки изображений в биологии.
Программный продукт с возможностью продвинутой 3D визуализации и анализа. Amira® – это мощное многофункциональное 3D программное обеспечение для визуализации, обработки изображений и извлечения биомедицинской информации при использовании различных техник, таких как томография, микроскопия, магнит.
Amira предлагает расширенный 3D визуализируемый рабочий цикл для широкого круга исследований, от молекулярной и ядерной биологии до нейробиологии и биоинженерии.
Импорт и экспорт:
- Битовые форматы, TIFF, BMP, JPEG, PNG, SGI;
- Специализированные форматы для микроскопии;
- Leica, Zeiss, BioRad, Olympus, MRC;
- Медицинские форматы изображений;
- DICOM, 3D анализ;
- Нейробиологические форматы;
- Nifti, HOC, SWC- моделирование методом конечных элементов;
- FIDAP, I-DEAS, Fluent;
- Геометрическое моделирование и система автоматизированного проектирования (CAD);
- DXF, STL, VRML, Inventor;
- Работа с различными необработанными форматами.
Обработка изображений:
- 2D и 3D фильтрация;
- Устранение искажений и корректировка по оси Z;
- Ручная / автоматическая регулировка среза;
- Совмещение изображений;
- Ручная / автоматическая сегментация;
- Создание каркасных моделей и нейронных и сосудистых сетей;
- Специализированные редакторы для сегментирования и слияния;
- Формирование поверхности;
- Формирование сетки для метода конечных элементов;
- Вычисление тензоров;
- DTI трактография;
- Мощный интерфейс с большим числом предустановленных программ для выполнения;
- Ядро программы поддерживает большое количество сторонних модулей.
Визуализация:
- Интерактивная высококачественная объемная визуализация;
- Перпендикулярный и наклонный срез;
- Объемная и поверхностная визуализация;
- Изолинии и изоповерхности;
- Многоканальная визуализация;
- Наложение изображений;
- Векторная и тензорная визуализация;
- Поддержка структурированной и неструктурированной сеткой;
- Молекулярная визуализация.
Анализ и измерения:
- Измерения объема площади и длины;
- Измерение плотности (статистика серых значений);
- Со-локализационный анализ;
- Разделение по компонентам, подсчет, и анализ формы;
- Арифметические операции с изображениями, векторные поля, и бесструктурные сетки;
- Интеграция с вычислительным процессором MATLAB®.
Представление результатов:
- Формирование видео;
- Улучшенная анимация ключевых кадров и объектов;
- Активное и пассивное трехмерное отображение;
- Расширения для навигации в виртуальной реальности;
- Один или несколько дисплеев.
Программное обеспечение Amira создано из функциональных модулей, содержащих базовый пакет и опциональных дополнительных пакетов, которые позволяют оптимизировать продукт под конкретные цели.
- Опциональный пакет Neuro предлагает инструменты для экспериментов с диффузионно-тензорной томографией, включая тензорную визуализацию, направленно кодированные цветовые карты (DEC) и нейронные трактограммы. В дополнение этот пакет поддерживает перфузионный анализ мозга на MR или CT сериях данных;
- Опциональный пакет Molecular добавляет расширенные инструменты для визуализации моделей молекул. Использует всю мощность графической карты компьютера и мощный редактор молекул для создания сложных визуализаций молекул;
- Опциональный пакет Quantification+ предлагает высокоуровневый инструмент для получения и визуализации новой квантовой информации с 3D изображений. Эта опция использует ряд программных компонентов для выполнения автоматический сегментации, свертывания, разделения объектов, и извлечения статистической геометрической информации;
- Опциональный пакет Skeletonization добавляет инструменты для реконструкции, анализа, и представления каркасных моделей нейронных и сосудистых сетей и их квантовых моделей в соответствии с такими параметрами, как длина сегмента и его диаметр. Построение каркасной модели из больших наборов изображений;
- Опциональный пакет VR позволяет визуализацию ваших данных на большом составном дисплее или в системе дополненной реальности. Поддерживает устройства навигации в 3D, а так же быструю многоканальную и распределенную визуализацию;
- Опциональный пакет Mesh добавляет инструменты для создания трехмерных образов конечного элемента из данных с сегментированного изображения. Высококачественная визуализация достигается при помощи использования скалярного, векторного и тензорного модулей для отображения;
- Опциональный пакет Very Large Data добавляет поддержку визуализации изображений, чей объём превышает максимально допустимое значение оперативной памяти вашего компьютера, оперируя данными во внешней памяти. Расширяет использование множества стандартных модулей, таких как перпендикулярный и наклонный срез, объемная визуализация, и создание изоповерхности;
- Опциональный пакет Multi-Component Analysis Option предназначен для обработки изображений, полученных различными методами. Модули этого опционного пакета включают вычислительный поток, начиная с генерирования бинарного изображения граничного слоя, разделения объединенных элементов, заканчивая извлечением параметров формы из них.