Мы подготовили короткий обзор возможностей по обработке и обсчету спектров кругового дихроизма. Статья посвящена бесплатной программе для анализа КД-спектров CDNN, а также онлайн ресурсу DichroWeb.
1) CDNN
Программа для определения вторичной структуры белков по спектрам КД. Была написана Dr. Gerald Böhm, Institut für Biotechnologie, Martin-Luther Universität Halle-Wittenberg. Идет в комплекте со спектрометром Chirascan. Также ее можно скачать с официального сайта разработчика gerald-boehm.de.
На сайте Applied Photophysics есть небольшое руководство по работе с программой:
2) Dichroweb
Наиболее полный онлайн ресурс для деконволюции КД-спектров:
dichroweb.cryst.bbk.ac.uk
Является частью ресурса Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB), разработанного и поддерживаемого Department of Crystallography, Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College, University of London, School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary, University of London, UK. PCDDB — банк спектров КД биомакромолекул, названый по аналогии с protein data bank (PDB). PDB — это обширная база белковых структур, решенных методами монокристальной белковой дифрактометрии и ЯМР. Подробнее о PCDDB можно прочитать в обзорной статье по ссылке:
Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB): Data Bank and Website Design
В настоящее время на сайте Dichroweb зарегистрировано более 6000 пользователей и обработано более 700 000 спектров. Для работы необходимо зарегистрироваться, регистрация бесплатная. На канале PCDDB на youtube есть обучающее видео по работе с базой данных: